Nach seinem Rachefeldzug gegen die Mörder seiner Frau und seiner Kinder deckt Frank Castle (Jon Bernthal) eine Verschwörung auf, die weit über die kriminelle Unterwelt New Yorks hinausgeht. In der Stadt ist er inzwischen als der Punisher bekannt und muss die Wahrheit über Ungerechtigkeiten herausfinden, die nicht nur seine eigene Familie betreffen.

Nach dem grauenvollen Massaker an seiner gesamten Familie hat der ehemalige FBIAgent Frank Castle (Tom Jane) nur noch ein Ziel: Er will die Verantwortlichen zur Rechenschaft ziehen. Ganz oben auf seiner Liste steht der Unterweltboss Howard Saint (John Travolta). Mit besessener Präzision bereitet Castle seine Rache vor, rüstet sich mit einem üppigen Waffenarsenal aus und sondiert akribisch die Gewohnheiten seines Gegners. Castle will Howard Saint das nehmen, was ihm am wichtigsten ist: sein Geld, das Vertrauen in seine rechte Hand Quentin (Will Patton) und nicht zuletzt die Liebe zu seiner Frau Livia (Laura Harring). Auf seinem Weg zur Vergeltung bekommt es Castle mit neuen Feinden wie dem musikalischen Killer Harry Heck (Mark Collie) oder dem Muskelberg The Russian (Kevin Nash) zu tun, aber auch mit neuen Freunden wie seinen verschrobenen Nachbarn Joan, Dave und Mr. Bumpo (Rebecca Romijn-Stamos, Ben Foster, John Pinette). Während der Showdown mit Saint immer näher rückt, wird aus Frank Castle der gnadenlose Rächer - "The Punisher".

In den feuchten Röhren der Kanalisation haust der Punisher, ein verbitterter Ex-Cop, dessen Racheakte gemäß der Devise "Wenn du schuldig bist, bist du tot" die Unterwelt das Fürchten lehrt. Als die japanische Yakuza die örtliche Mafia ausbootet und die Kinder der Gangsterbosse als Geiseln nimmt, zwingt der Gangsterboß Franco den kinderlieben Punisher, bei einer Befreiungsaktion mitzumachen. Der Coup gelingt, und der Punisher radiert erst die japanische Killerarmee aus und bringt danach Franco um.