Anfangs dachte ich das der Ausstieg von Michael Vartan alles versauen würde, doch das ist nicht der Fall

Mit den Dokumenten über Prophet Five strömt das APO Team in die ganze Welt aus, um Bilder der verschiedenen Prophet Five Mitglieder zu machen. Als sie alles gesammelt haben, beschließen sie, dass sie alle Verhaftungen gleichzeitig machen müssen, damit die restlichen Mitglieder, inklusive Sloane, keine Zeit haben, sich zu verstecken. Jack sagt Marshall, dass er ihre Aktivitäten verfolgen soll, um so eine Verhaftung planen zu können.

Gleichzeitig sprich Sloane mit Sark und Peyton und schlägt vor, dass sie ihre Position bei Prophet Five festigen, damit die weniger entbehrlich sind. Obwohl Peyton zuerst zögert, stimmt sie schließlich zu.

Tom besucht Rachel in ihrem Apartment. Sie steht ihm in seiner Traurigkeit bei und er küsst sie. Als Rachel kurz in die Küche geht, geht Tom. Später wird Rachel von Sark entführt. Ungefähr zur gleichen Zeit wird auch Marshall entführt und zu Sloanes Versteck gebracht. Zusammen mit Peyton befiehlt Sloane Marshall, sich ins Staatssystem zu hacken und via einer Satelliten eine Höhle im Untergrund zu finden. Als Marshall sich weigert, foltert Peyton ihn.

Syd und Jack besuchen Carrie, Marshalls Frau, die sie gerufen hat, um ihr bei der Suche nach Marshall zu helfen. Als Syd erzählt, dass Marshall noch immer für die CIA arbeitet, will Carrie helfen und bietet ihre technische Hilfe an, solange Marshall weg ist. Sobald sie bei der APO angekommen ist, knackt sie Marshalls Passwort für ein Programm, mit dem er die Mitglieder von Prophet Five verfolgt.

Später taucht Sloane in der Garage auf, als Syd gerade Isabelle aus dem Auto holen will. Er sagt ihr, dass sie mit Marshall sprechen soll, der sich noch immer weigert zu helfen. Syd tut es und fragt am Schluss, ob sie Carrie etwas ausrichten soll. Er sagt, dass Syd Carrie sagen soll, dass er das Buch "The Little Fish" für ihren Sohn zu ende lesen wird.

Rachel kommt in den Raum, in dem auch Marshall ist. Marshall sagt ihr, dass er ihre Hilfe braucht. Um Rachel zu beruhigen, sagt er, dass er mit Sydney gesprochen hat. Marshall erklärt ihr, wie sich sie in den Computer hacken werden, ohne erwischt zu werden. Rachel versteht, dass Marshall eigentlich erwischt werden will und beide beginnen zu arbeiten. Später findet Rachel die Höhle, die Sloane wollte, in Italien.

Vaughn übergibt Marshalls Nachricht an Carrie, die herausfindet, dass der Hauptcharakter in "The Littlest Fish" ein Fisch namens Noah ist. Sie denkt, dass Marshall damit ein Zeichen auf die NOAA (National Oceanic and Atmospheric Administration) geben will, etwas, in dass sich Marshall kürzlich eingehackt haben muss. Mit dieser Spur macht sich Carrie auf die Suche nach Leuten, die sich ins Staatssystem hacken und findet schließlich Marshalls Position. Er befindet sich in Ixtapa und Jack sendet ein Rettungsteam.

Im Keller bricht Rachel ihre Handschellen mit einem Bügel aus ihrem BH auf und zusammen mit Marshall entkommt sie dem Wachen, der gesendet wurde, um sie zu töten. Sie werden von mehreren Wachen verfolgt und rennen in den Keller, wo sie von gerade angekommenen APO Team gerettet werden.

Bei der APO berichtet Carrie Jack, dass sich die Prophet Five Mitglieder, laut Marshalls Wanze, in Zürich treffen werden. Jack erschließt, dass Sloane dort seine neuen Erkenntnisse, die er durch Marshall und Rachel erhalten hat, preisgeben will. Er stellt ein Team zum Eingreifen auf. Im sicheren Haus sagt Rachel, dass Sloane nach Umbria will. Sydney realisiert, dass er zum Mount Subasio gehen wird.

In den schneebedeckten Bergen lässt Vaughn Syd in eine Höhle herunter, wo sie Sloane mit dem Amulett findet. Als Syd die Waffe auf ihn hält, sagt er, dass der Lärm der Abzugs die Höhle zum Einsturzt bringen würde. In der Zwischenzeit installiert Sark in Los Angeles eine Bombe.

Bei der APO sagt Tim, dass laut den Dokumenten in Sloanes versteck, eine Bombe in der Nähe der APO Gebäudes ist. Jack sagt, dass das Gebäude geräumt werden muss und Tom und Dixon gehen in die Tunnel, um nach der Bombe zu suchen. Marshall und Rachel werden damit beauftragt, die Zivilisten zu evakuiren. Später findet Tom die Bombe und sagt, dass sie nicht entschärft werden kann. Er schägt vor, den Timer mit einer Flüssigkeit zu besprühen, die den Countdown langsamer werden lässt.

Peyton geht nach Zürich um die Prophet Five Mitglieder zu treffen. Als sie in der Mitte der Raumes und alle warten, dass sie das Amulett presentiert, öffnet Peyton den Koffen und holt Waffen heraus, womit sie alle Mitglieder und ihre Bodyguards erschießt.

Als die letzten Zivilisten aus dem Gebäude sind, sagt Jack, dass Tom aus dem Zug rennen soll um zu entkommen bevor die Bombe explodiert. Tom bittet darum, mit Rachel verbunden zu werden. Er sagt ihr, dass er sie, wenn sie mehr Zeit gehabt hätten, nach einem Date gefragt hätte. Rachel, die fühlt, dass Tom sein Leben aufgeben will, sagt weinend, dass sie ja gesagt hätte. In diesem Moment explodiert das Gebäude.

Sloane hält das Amulett gegen das Licht. Er sagt Syd, dass sie das nicht sehen darf und schießt auf den Boden auf dem sie steht. Sydney fällt in ein tiefes Loch.

Vaughn findet Sydney, die bewusstlos ist. Er versucht sie wieder zu beleben. In einem Flashback erinnert sich Syd an die Zeit, als ihr Vater ihr gesagt hat, dass ihre Mutter gestorben ist. Er sagt ihr, dass sie stark sein muss. Da wacht Syd auf.

Peyton sagt Sloane, dass sie ihren Kontakt in Hong Kong erreicht hat und zeigt ihm Rambaldis Sphäre des Lebens – sie haben einen Deal. Sark fragt, ob sie den globalen Massenmord durchziehen wollen, Sloane sagt ja, als sie auf Nuklearwaffen schaun.

In einem sicheren Haus in Sienne erinnert sich Syd an ihre Kindheit, als sie ein 3-D Puzzle zusammen baute, dass sie gefunden hat. Sie versteht den Zusammenhand zum Projekt Weihnachten nicht – das Kinder darauf testes, ob sie Agenten sein können – und zeigt ihrem Vater, was sie gemacht hat. Er sagt ihr, dass sie ein sehr besonderes Kind sei.

Später liest Syd einen Bericht, in dem Steht, dass zwei Raketenpanzer gestohlen worden sind. Sie denkt, dass Sloane damit zu tun hat. Sie denkt, dass Sloane, wenn er alle Prophet Five Agenten getötet hat, auch ihr Guthaben hat und die Raktetpanzer von jemandem gekauft hätte. Marshall hackt sich ins russische Banksystem und sieht sich die Telefonaufzeichnungen an. Über Satellit können sie Peyton lokalisieren.

Vaughn, Dixon und Sydney befragen Peyton, die sagt, dass sie nicht weiß, wo die Raketen jetzt sind, aber das Sloane sie auf zwei Städte mit großer Bevölkerung schießen lassen will. Jack sagt, dass Sloane nicht auf die Zerstörung aus ist, sondern dass er vom Wiederaufbau profitieren will. Syd findet außerdem heraus, dass Sloane in Mongolien ist.

Als Syd sich für den Flug nach Mongolien fertig macht, berichten Rachel und Marshall, dass sie versuchen, sich ins Satellitensystem zu hacken um so die Raketen zu lokalisieren. Sie sehen, dass Sloane sich mit Infomationen von einem Kontakt in Honk Kong ins Netz gehackt hat. Als Dixon sie befragt, sagt Peyton, wer der Kontakt ist.

Sloane und Sark gehen in die Höhle in Mongolien. Sloane sagt, dass er den nächsten Schritt alleine gehen muss. Sloane geht in eine Kammer und findet Rambaldis Grab. Voller Ehrfurcht nimmt Sloane die Sphäre und plaziert sie in das Rambaldi Auge (Rambaldis Zeichen). Die Sphäre leuchtet und aktiviert Rambaldis Mueller-Device mit dem roten, schwebenden Ball.

Vaughn, Jack und Syd überfallen das Camp, dass um die Kammer gebaut ist. Syd geht in die Kammer und richtet eine Waffe auf Sloane. Gleichzeitig werden Jack und Vaughn von Sark und seinen Männern umzingelt. Syd nimmt die Sphäre und die Flüssigkeit aus dem Ball fällt auf den Boden. Als sie sie gerade zerstören will, kommt Sark mit Vaughn und Jack herein.

Sloane, der jetzt eine Waffe auf Syd richtet, sagt ihr, dass sie ihm die Sphäre geben soll. Sloane dreht sich um und schießt auf Jack. Syd lässt die Sphäre fallen und geht zu Jack. Vaughn nutzt die Gelegenheit, um die Wachen zu überwältigen. Syd schießt einige Male auf Sloane, der in eine Pfütze aus der roten Flüssigkeit fällt, die in Rambaldis Ball war. Er stirbt und Sark hebt die Sphäre auf.

Syd erinnert sich daran, als sie ihrem Vater ihren ersten Check gab. Als sie sagt, dass sie jetzt für Credit Dauphine arbeitet, sagt Jack, dass sie sofort kündigen soll. Verwirrt sagt Syd, dass sie tut was sie will und was sie denkt, dass am besten für sie ist.

Syd und Vaughn tragen den verwundeten Jack aus der Kammer, um erste Hilfe zu leisten. Vaughn sagt, dass Sloane tot ist und das Sark mit der Sphäre auf seinem Weg zu dem Kontakt in Hong Kong sein muss. Vaughn fügt hinzu, dass es Irina Derevko ist.

Das Team erhält die Nachricht, dass Marshall einen noch nicht aktivierten Countdown gefunden hat, den sie aber nicht stoppen können. Jack sagt Vaughn und Syd, dass sie nach Hong Kong gehen sollen, doch Syd weigert sich und will bleiben, worauf Jack sagt, dass sie die einzige Person ist, die ihre Mutter stoppen kann. Er sagt, dass er nie dieses Leben für sie wollte, aber sie schon immer viel zu zielstrebig und stark war, um sie davon abbringen zu lassen. Syd sagt ihrem Vater, dass sie ihn liebt und geht zögerlich.

In Hong Kong geht Sark zu Irina und sagt, dass die Raketen bereit sind. Irina sagt, dass Washington D.C. und London die Ziele sind und Sark geht zu einem seiner Männer und befiehlt ihm, den Countdown zu aktivieren.

Als Syd ankommt, sagt Irina, dass Macht das einzig wichtige ist und dass sie – durch Rambaldi – ewig leben könnten. Syd und Irina kämpfen, während Vaughn in den Kontrollraum geht, wo Sark ist und sie zu kämpfen beginnen. Vaughn schießt Sark ins Knie und fordert ihn auf, den Code für den Countdown zu verraten. Mit Marshalls Hilfe wird der Code gestoppt. In Mangola heilen die Wunden in Sloanes Kopf und er wird wieder zu Leben erweckt. Als er aus der Kammer laufen will, hindert ihn ein verwunderter Jack.

Jack entschuldigt sich, dass er nicht an Rambaldi glaubt, aber weil er Syd so viele Schmerzen zugefügt hat, will er verhindern, dass Sloane das noch einmal tun kann. Als Sloane antwortet, dass er in seiner Unsterblichkeit nicht mehr verletzt werden kann, sagt Jack, dass er ihn trotzdem mit ihm in diesem unterirdischen Grab behalten kann. Er lässt eine Bombe explodieren und die Kammer stürzt ein.

Noch immer kämpfend, befinden sich Irina und Syd nun auf einem Hausdach. Sydney tritt Irina, die in der Mitte eines Glasdaches landet. Als Syd ihre Mutter bittet, zurück zu ihr zu kriechen, weil das Dach sie nicht aushält, weigert sich Irina und greift stattdessen nach der Sphäre, die nur ein paar Zentimeter von ihr entfernt liegt. Als sie sich bewegt, bricht das Glas auf dem sie liegt, Irina fällt und stirbt.

In Mongolien ist die Hälfte von Sloanes Körper eingequetscht, er jedoch lebt. Keiner ist in der Gegend, um seine Hilferufe zu hören. Er spricht mit Nadias Geist, die ihm sagt, dass er nun alle Zeit in der Welt hat und dass auch sie ihm nicht bestehen wird. Sie geht.

Jahre später spielt eine sieben Jahre alte Isabelle am Strand. Als Dixon ankommt, kommen Syd und Vaughn aus ihrem Haus am Strand, um ihn zu begrüßen. Als Dixon Syd um Hilfe bei einem Auftrag bittet, schlägt Vaughn vor, das doch nach dem Abendessen zu besprechen. Währenddessen spielt Isabelle mit dem hölzernen Block – dem, den damals auch Syd zusammen gebaut hat und der ihrem Vater gezeigt hat, dass sie Agentin werden kann – und baut ihn mühelos zusammen. Sie rennt nach draußen, um mit Syd, Vaughn und Dixon spazieren zu gehen.